రెబల్ స్టార్ గా గుర్తింపు తెచ్చుకున్న కృష్ణంరాజు రాజకీయాల్లోనూ తన మార్క్ ను చూపించారు. ఉమ్మడి తూర్పుగోదావరి జిల్లాలోని కాకినాడ లోక్ సభ నియోజకవర్గం నుంచి బీజేపీ తరపున తొలిసారి ఎంపీగా గెలిచారు. 1998 లోక్ సభ ఎన్నికల్లో బీజేపీ నుంచి ఉమ్మడి ఆంధ్రప్రదేశ్ లో 42 స్థానాలకు గానూ బీజేపీ నాలుగు స్థానాల్లో గెలవగా కాకినాడ నుంచి కృష్ణం రాజు విజయం సాధించారు. కృష్ణంరాజు రాజకీయ ప్రస్థానం మొదట కాంగ్రెస్ తో ప్రారంభమైంది.
1990లో ఆయన యాక్టివ్ పాలిటిక్స్ లోకి వచ్చిన తర్వాత 1991లో జరిగిన లోక్ సభ ఎన్నికల్లో నరసాపురం లోక్ సభ స్థానం నుంచి కాంగ్రెస్ అభ్యర్థిగా పోటీచేయగా విజయం అందుకోలేదు. ఆతర్వాత బీజేపీ నుంచి ఆహ్వానం అందటంతో ఆయన కమలం పార్టీ కండువా కప్పుకున్నారు. 1998లో కాకినాడ లోక్ సభ స్థానం నుంచి పోటీచేసి సమీప అభ్యర్థి తెలుగుదేశం పార్టీకి చెందిన తోట గోపాలకృష్ణపై 67,799 ఓట్ల భారీ అధిక్యంతో కృష్ణంరాజు గెలిచారు. 1999 ఎన్నికల్లో నరసాపురం నుంచి ఏంపీగా పోటీచేసి విజయం పొందారు. రెండో సారి ఎంపీగా గెలవడంతో బీజేపీ అధినాయకత్వం ఆయనను కేంద్రమంత్రి పదవి ఇచ్చింది. 2000 నుంచి 2004 వరకు ఆయన కేంద్ర మంత్రిగా పనిచేశారు. అప్పటి ప్రధాని అటల్ బిహారీ వాజపేయి మంత్రివర్గంలో కేంద్ర సహాయ మంత్రిగా విధులు నిర్వహించారు. 2000 సెప్టంబర్ 30వ తేదీ నుంచి 2004 మే 22 వరకు కేంద్ర సహాయ మంత్రిగా చేశాక ఆ తర్వాత కేంద్ర విదేశాంగ శాఖ సహాయ మంత్రిగా 2000 సెప్టెంబర్ 30 నుంచి 2001 జులై 22వరకు పనిచేశారు.
2001 జులై నుంచి 2002 జులై వరకు ఏడాది పాటు రక్షణ శాఖ సహాయ మంత్రిగా, 2002 జులై 1 నుంచి వినియోగదారుల వ్యవహరాలు, ప్రజాపంపిణీ శాఖ సహాయ మంత్రిగా, 2003 జనవరి 29 నుంచి 2004 మే 22 వరకు కేంద్ర గ్రామీణాభివద్ధి శాఖ సహాయ మంత్రిగా పనిచేశారు. 2009 మార్చిలో అప్పట్లో సినీనటుడు చిరంజీవి స్థాపించిన ప్రజారాజ్యం పార్టీలో చేరి రాజమండ్రి లోక్ సభ నియోజకవర్గం నుంచి 2009 ఎన్నికల్లో ప్రజారాజ్యం పార్టీ అభ్యర్థిగా పోటీచేసి ఓటమిపాలయ్యారు. ఆ తర్వాత మరలా 2013లో అప్పటి బీజేపీ జాతీయ అధ్యక్షులు రాజ్ నాధ్ సింగ్ సమక్షంలో బీజేపీలో చేరారు. ఇక ఆ తర్వాత ప్రత్యక్ష ఎన్నికల్లో పోటీ చేయలేదు.